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# 环境依赖（批量虚拟筛选）
# 建议用 conda / mamba 建独立环境，避免与系统 Python 冲突
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# 对接引擎（同时提供命令行 vina 和 Python API）
# conda 更稳；也可 pip install -U vina
vina>=1.2.5

# 分子读写与构象
numpy
scipy
rdkit

# 受体 / 配体 PDBQT 准备（提供 mk_prepare_ligand.py、mk_prepare_receptor.py、mk_export.py）
meeko>=0.6

# 给配体加氢 / 生成 3D 构象 / 枚举质子化与互变异构（提供 scrub.py）
# 注意：scrub.py 内部 import joblib，但 molscrub 没把它写进依赖，必须单独装，
#       否则跑 scrub.py 会报 ModuleNotFoundError: No module named 'joblib'
molscrub
joblib

# 蛋白结构处理（官方 Colab 工作流里用到）
gemmi
prody

# 可视化（可选，用于看结果）
py3Dmol

# 说明：
# - AutoDock-GPU（GPU 加速大规模对接）：https://github.com/ccsb-scripps/AutoDock-GPU
# - Ringtail（虚拟筛选结果入库与富集分析）：https://github.com/forlilab/ringtail
# - ad4 打分需要 autogrid4 预计算 affinity maps：conda install -c conda-forge autogrid